Аллегри принадлежит ряд произведений в жанрах церковной хоровой музыки, в том числе концерты, мотеты, ламентации и мессы. Писал он также канцоны и симфонии. Европейскую известность принесли композитору два события. Первое - это сочинение им в 1638 г. музыки на текст 50 псалма Давида «Misereri mei Deus» («Помилуй меня, Боже») для двух, 4-х и 5-голосного хоров. Второе событие произошло более, чем через сто лет после смерти Аллегри и было связано с неординарным поступком юного Моцарта. В то время существовал закон о том, что всё написанное для Сикстинской капеллы является ее собственностью и не может исполняться за ее пределами. Закон был нарушен 14-летним подростком. Моцарт услышал исполнение псалма Аллегри во время Страстной пятницы, а затем по памяти составил его нотную запись. В 1771 г. текст был опубликован.

В содержании псалма, глубоко прочувствованном композитором, мощно представлены пафос барочной устремленности ввысь и одновременно дух смиренного славословия, воспевающего величие Господа. Своей динамикой псалом напоминает одновременно и молитву и готический собор, в которых доминируют уходящие ввысь вертикали духовных порывов, взывающих к горнему миру.